胶质母细胞瘤扰动数据：放疗、药物与 CRISPR
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研究问题
- 胶质母细胞瘤有哪些扰动数据？
- 虚拟细胞为什么需要扰动数据？
当前认识
虚拟细胞要学习状态对干预的反应，需要扰动数据。文献库中 GBM 相关的有：小鼠模型中结合放疗的体内 Perturb-seq、药物特征谱整合、类器官药物筛选，以及一项类器官替莫唑胺预印本；大规模扰动图谱大多非 GBM。
体内 Perturb-seq（在小鼠 GBM 模型中颅内递送 CRISPRi）沉默了肿瘤生长驱动基因和放疗增敏基因，并显示放疗会重塑细胞对扰动的转录反应。 VC0070
药物扰动：scFOCAL 将 LINCS L1000 特征谱与 GBM 单细胞状态比对；自动化个体化 GBM 类器官药物筛选平台；DELPHAI（预印本）建模类器官的替莫唑胺反应。 VC0132 VC0097 VC0129 · 预印本
大型通用扰动资源——K562/RPE1 基因组规模 Perturb-seq 与 Tahoe-100M（50 种癌细胞系 × 1,100 种药物）——是当前模型的主要训练数据，但并非聚焦 GBM。 VC0040 VC0041 · 预印本 VC0042
证据图谱
原始研究与数据集
- VC0070 In vivo perturb-seq of cancer and microenvironment cells dissects oncologic drivers and radiotherapy responses in glioblastoma. — Liu SJ et al., Genome biology, 2024
- VC0132 Drug and single-cell gene expression integration identifies sensitive and resistant glioblastoma cell populations — Suter et al., Nature Communications, 2026
- VC0097 Automated and personalized glioblastoma tumor organoid drug screening platform exposes sensitivity to proteasome and HDAC inhibitors. — Jungwirth G et al., NPJ precision oncology, 2026
- VC0095 BRD2 bromodomain-mediated regulation of cell state plasticity modulates therapy response in glioblastoma. — Vadla R et al., Neuro-oncology, 2025
相关模型与工具
- VC0129 · 预印本 DELPHAI, AI Agent for Predicting Drug Response and Resistance — Peng et al., preprint, 2025
- VC0019 Predicting cellular responses to perturbation across diverse contexts with State. — Adduri AK et al., Cell, 2026
- VC0130 UniPert-G2CP bridges genetic and chemical screens from molecular representation to phenotype modeling — Li et al., Cell, 2026
扰动与验证证据
- VC0040 Mapping information-rich genotype-phenotype landscapes with genome-scale Perturb-seq. — Replogle JM et al., Cell, 2022
- VC0042 Tahoe-100M: Mapping drug-induced molecular phenotypes at single-cell resolution. — Zhang J et al., Cell, 2026
- VC0048 Deep-learning-based gene perturbation effect prediction does not yet outperform simple linear baselines. — Ahlmann-Eltze C, Huber W, Anders S., Nature methods, 2025
本页引用文献库条目 11 条，其中预印本（未经同行评审）2 条。
关系
实体之间的类型化关系，每条均有文献库条目支撑（角色＝该条目与关系的关联方式）。低置信度行需编辑复核。 全部实体 →
| 主语 | 关系 | 宾语 | 置信度 | 证据（角色） |
|---|---|---|---|---|
| scFOCAL / ISOSCELES | 相关 | 胶质母细胞瘤 | 高 | VC0132 支持 |
| scFOCAL / ISOSCELES | 使用数据集 | LINCS L1000 药物特征谱 | 高 | VC0132 数据集 |
| DELPHAI | 相关 | 替莫唑胺 | 中 | VC0129 · 预印本 支持 预印本；在 GBM 类器官中模拟替莫唑胺反应。 |
| DELPHAI | 相关 | 患者来源 GBM 类器官 | 中 | VC0129 · 预印本 支持 预印本。 |
| Perturb-seq | 扰动 | 胶质母细胞瘤 | 高 | VC0070 支持 小鼠 GBM 模型中的体内 Perturb-seq；结论未必适用于人类肿瘤。 |
| 替莫唑胺 | 扰动 | 患者来源 GBM 类器官 | 中 | VC0129 · 预印本 支持 预印本；模拟类器官对替莫唑胺的反应，并非临床测量。 |
| 类器官药物筛选 | 相关 | 患者来源 GBM 类器官 | 高 | VC0097 支持 |
本页涉及的实体
- CRISPR 干扰 方法与概念
- DELPHAI 模型
- 患者来源 GBM 类器官 模型
- 胶质母细胞瘤 疾病
- LINCS L1000 药物特征谱 数据集
- 类器官药物筛选 方法与概念
- Perturb-seq 方法与概念
- 放射治疗 方法与概念
- 全基因组规模 Perturb-seq 数据集
- scFOCAL / ISOSCELES 模型
- Tahoe-100M 数据集
- 替莫唑胺 药物
尚不确定之处
本页未核实 Tahoe-100M 是否包含胶质瘤细胞系，以及细胞系结果向肿瘤的可迁移性。 VC0042
小鼠体内扰动结果未必反映人类 GBM。 VC0070
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