Predicting cell-state-specific gene regulation from DNA across species

预印本（未经同行评审）：Liu 等（通讯单位 Arc 研究所；资深作者 Greenberg ME）提出 Bolero，一种以图谱级细胞状态嵌入及其他生物学变量为条件的“序列到功能”模型，可从 DNA 序列预测细胞状态特异的染色质可及性与转录本丰度。模型在 6 种哺乳动物、33 个数据集的 1070 万个细胞上训练，作者报告其表现与专用模型相当或更好；外推细胞状态嵌入可将预测扩展到训练中未出现的细胞状态；以 AP-1 活性评分作为条件轴，可在无刺激数据时预测活动依赖的染色质变化；并可预测训练中排除物种的细胞类型特异可及性。为作者自报结果，尚无独立评测。

作者 / 机构

Liu H, Mao S, Gallent T, Chen Y, Yan Z, Vogel I, Traunmuller L, Zhang R, Buenrostro JD, Zhou J, Greenberg ME.

发表于

bioRxiv (preprint, not peer-reviewed)

日期

2026-10-20

类型

预印本

年份

2026

DOI

10.64898/2026.10.19.760026

核验来源

bioRxiv API details (title, 11 authors, posted 2026-10-20, v1, new results, genomics, CC BY-NC, corresponding institution Arc Institute, abstract) + Crossref posted-content record; doi.org resolves to biorxiv.org (10.64898 is bioRxiv's current DOI prefix) fetched 2026-10-21; full text not read

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