stFormer integrates spatial ligand signaling into a foundation model for spatial transcriptomics

Cao 等（Cell Reports Methods 2026）：stFormer 是面向空间转录组的 Transformer，通过交叉注意力引入空间配体基因；在约 410 万个公开人类 Visium 空间样本上预训练；摘要报告其在聚类、批次校正、细胞类型与基因功能预测上优于 scFoundation，并可对配体-受体信号进行 in silico 扰动，另有两个案例研究。

作者 / 机构

Cao S, Yang K, Cheng J, Li J, Shen H-B, Pan X, Yuan Y.

发表于

Cell Reports Methods

日期

2026-09-30

类型

论文

年份

2026

DOI

10.1016/j.crmeth.2026.101612

PMID

42815472

核验来源

Crossref (title, 7 authors, 2026-09, article 101612) + Europe PMC (PMID 42815472, first publication 2026-09-30, abstract); Technology Networks 2026-10-13 (CAS press story) used only as lead; full text not read

基础模型计算机模拟扰动spatial-transcriptomicsligand-receptor

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