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虚拟细胞的图谱与数据资源：平台、规模与已核验的数据许可

作者：GlioState 编辑团队 · 发布 · 最后更新

待审阅 版本 0.1.0 · 状态：初稿 · 最近专家审阅：尚未审阅

层级：通用层 · 组织范围：跨组织

研究问题

  • 文献库中有哪些通用的单细胞与扰动数据平台，各自的数据许可是什么？
  • 记录就规模、整理方式与访问方式说明了什么？

当前认识

我们对文献库记录及许可核验（2026-10-16）的阅读：文献库中的数据资源大多为开放许可（CC0 或 CC BY 4.0），仅一项为 CC BY-NC-SA 4.0 的免费访问例外。记录将 CELLxGENE Discover（1 亿以上细胞）与 scBaseCount（智能体整理、自动更新）描述为通用单细胞资源。许可指仓库页面所示的数据许可，而非论文许可。确定性：许可按所列日期核验为高；规模以记录所述为准。

范围与阅读方式。范围：仅依据文献库记录（标题、发表载体、一句话摘要与核验来源）；本页未通读全文，下列陈述均限于这些记录所述。预印本已标注，未经同行评审。本页不对胶质瘤或其他肿瘤作任何论断。许可陈述来自本站数据许可报告所列的仓库页面，核验于 2026-10-16；许可可能变更，复用前请查看来源。 VC0043 VC0040

通用单细胞平台。CZ CELLxGENE Discover 记录为 1 亿以上细胞的单细胞数据平台（Nucleic Acids Research 2025），其记录注明包含胶质瘤数据集；按平台的已发布数据政策，已发布数据为 CC BY 4.0（未见各数据集合的许可字段）。scBaseCount 记录为 Arc 的由 AI 智能体整理、标准化、自动更新的单细胞库（Cell 2026）；CC0 1.0 为 Arc Atlas 页面的页面级声明，数据位于请求方付费存储桶并有免费额度。确定性：对“记录与许可页面如此所述”为高。 VC0043 VC0044

扰动资源及其数据许可。Replogle 等的处理后 Perturb-seq 数据：CC BY 4.0（Figshare+）；Tahoe-100M：CC0 1.0（Hugging Face；预印本与 Cell 记录描述同一数据）；X-Atlas/Orion：CC BY-NC-SA 4.0（可免费访问，非开放许可；因此其文献库页面不输出 schema.org 许可字段）。各记录就规模与体系所述内容见“大型扰动数据集”页面。 VC0040 VC0041 · 预印本 VC0042 VC0045 · 预印本

平台与计划页面。CZI 虚拟细胞平台记录为托管虚拟细胞模型的枢纽（机构页面；页面上无发布日期），Arc 虚拟细胞计划记录为结合 Perturb-seq 数据生成、State 模型与挑战赛的项目（机构页面）。这些是机构自述，而非评估。 VC0100 VC0103

这些资源中的脑肿瘤数据（事实性指引，不是迁移性论断）。CELLxGENE 记录注明含胶质瘤数据集；GBmap（IDH 野生型胶质母细胞瘤单细胞与空间图谱，VC0060）发布于 CELLxGENE，数据许可已核验为 CC BY 4.0。这只说明数据可在何处找到，并不表明本站任何页面上的模型在胶质瘤中有效，我们在此也不增加迁移性评估。 VC0043 VC0060

证据图谱

原始研究与数据集

  • VC0043 CZ CELLxGENE Discover: a single-cell data platform for scalable exploration, analysis and modeling of aggregated data. — CZI Cell Science Program et al., Nucleic acids research, 2025
  • VC0044 scBaseCount: An AI agent-curated, standardized, auto-updated single-cell data repository. — Youngblut ND et al., Cell, 2026
  • VC0040 Mapping information-rich genotype-phenotype landscapes with genome-scale Perturb-seq. — Replogle JM et al., Cell, 2022
  • VC0041 · 预印本 Tahoe-100M : A Giga-Scale Single-Cell Perturbation Atlas for Context-Dependent Gene Function and Cellular Modeling — Zhang J et al., bioRxiv, 2025
  • VC0042 Tahoe-100M: Mapping drug-induced molecular phenotypes at single-cell resolution. — Zhang J et al., Cell, 2026
  • VC0045 · 预印本 X-Atlas/Orion: Genome-wide Perturb-seq Datasets via a Scalable Fix-Cryopreserve Platform for Training Dose-Dependent Biological Foundation Models — Huang AC et al., bioRxiv, 2025

相关模型与工具

  • VC0100 CZI Virtual Cells Platform — Chan Zuckerberg Initiative, web
  • VC0103 Arc Institute Virtual Cell Initiative — Arc Institute, web
  • VC0060 Charting the single-cell and spatial landscape of IDH-wild-type glioblastoma with GBmap. — Ruiz-Moreno C et al., Neuro-oncology, 2025

本页引用文献库条目 9 条，其中预印本（未经同行评审）2 条。

本页涉及的实体

尚不确定之处

许可核验是对仓库页面的时点检查（2026-10-16）。CELLxGENE 未见各数据集合的许可字段，scBaseCount 的 CC0 声明是页面级声明，而非其代码仓库中的许可文件。 VC0043 VC0044

规模数字以记录所述为准（如 1 亿以上细胞）；我们未独立统计细胞数，也未核查各资源之间的重叠，因此资源之间可能含有重叠的底层数据。 VC0043 VC0041 · 预印本

仅供科研与教育参考，不构成医疗建议，也不构成对任何诊疗或产品的推荐。患者请咨询主治医生。